Različite metode sterilizacije biraju se na osnovu različitih performansi endoskopskih instrumenata i njihovih komponenti, kao i relevantnih informacija koje daje proizvođač instrumenata. ,
1. Sterilizacija parom pod visokim pritiskom: Svi endoskopski hirurški instrumenti koji se mogu autoklavirati treba da se sterilišu pod visokim pritiskom.
2. Etilen oksid: Etilen oksid ima jaku moć sterilizacije, široko rasprostranjenu sterilizaciju, ne oštećuje predmete i ima jaku moć prodiranja. Nije prikladno koristiti paru pod visokim pritiskom za sterilizaciju endoskopskih sočiva, kamera, snopova izvora svjetlosti, žica za elektrokoagulaciju itd. Sve se može sterilizirati ovom metodom.
3. Natapanje 2% glutaraldehida: koristi se za sterilizaciju endoskopskih instrumenata uronjavanjem. Potrebno ga je namakati 10 sati. Tokom namakanja, spojevi instrumenta moraju biti otvoreni i lumen se mora napuniti tekućinom za namakanje. Preostali medicinski rastvor se mora više puta ispirati sterilnom vodom pre upotrebe.
4. Sterilizacija medicinskog sterilizatora.
