Postoje dvije metode sterilizacije medicinskih instrumenata koji se koriste u hirurgiji, a to su sterilizacija na visokim temperaturama i sterilizacija na niskim temperaturama.
1. Metoda visokotemperaturne sterilizacije je korištenje visoke topline za denaturaciju mikrobnih proteina kako bi se postigla svrha ubijanja bakterija. Klinički se najčešće koristi, a najčešće se koristi sterilizacija parom pod pritiskom, koja je pogodna za instrumente i artikle koji mogu izdržati visoku vlažnost i toplinu. Postoji i brza sterilizacija parom, koja se može koristiti za gole instrumente i predmete.
Drugo, sterilizacija na niskim temperaturama, često koristeći sterilizaciju etilen oksidom. Najveća klinička primjena, prednost je što ne oštećuje sterilizirane predmete, ima jaku prodornu moć i ima dobar učinak ubijanja mikroorganizama. Niskotemperaturna formaldehidna parna sterilizacija može se koristiti za medicinske uređaje koji ne mogu izdržati visoke temperature.
